Thứ trưởng Bộ Thuế và phí

Năm 1998, ông bắt đầu làm việc trong cơ quan Nhà nước với tư cách là trợ lý về hệ thống thông tin phục vụ kế toán và kiểm soát việc nhận tiền thuế cho người đứng đầu Cục Thuế Nhà nước Liên bang Nga, Boris Fedorov.

Sau đó, ông làm Thứ trưởng Bộ Thuế và Phí Liên bang Nga, Cục trưởng Cục Địa chính Bất động sản Liên bang (Rosnedvizhimost) thuộc Bộ Phát triển Kinh tế Liên bang Nga. Ông vẫn giữ chức thứ trưởng dưới thời ba cục trưởng cục thuế kế tiếp. Ở vị trí này, ông đã tham gia vào việc phát triển tổ hợp công nghệ thông tin của Bộ Thuế và phí. Tên tuổi của Mishustin gắn liền với các sáng kiến ​​như giới thiệu chữ ký số điện tử và mã số thuế (TIN), tổ chức công việc theo nguyên tắc "một cửa" và các đổi mới công nghệ khác. Dưới sự lãnh đạo của ông, các trung tâm xử lý dữ liệu được thành lập, thiết bị máy tính được cung cấp, các cơ quan thuế khu vực được thống nhất thành một mạng thông tin và truyền thông duy nhất. Vào cuối năm 2002, Bộ Thuế và phí được báo chí gọi là "một trong những tổ chức tiến bộ nhất (nếu không muốn nói là tiến bộ nhất) về việc sử dụng các công nghệ thông tin hiện đại của các cơ quan của đất nước"[19]. Trong cuộc phỏng vấn của mình, Mishustin nói rằng trong thời kỳ này, “trao đổi dữ liệu điện tử đã được tổ chức, phương pháp luận cho một hệ thống tự động chọn đối tượng để kiểm tra tại chỗ đã được tạo ra, một hệ thống cung cấp dịch vụ tư vấn sử dụng điện thoại và Internet. Một cơ sở hạ tầng thông tin và viễn thông rộng khắp đã xuất hiện”[21].

Công tác tại Cơ quan Địa chính và Bất động sản (Rosnedvizhimost)

Năm 2004, cơ quan Roszemkadastr được chuyển đổi thành Cơ quan Địa chính Bất động sản Liên bang (Rosnedvizhimost), trực thuộc Bộ Phát triển Kinh tế. Ngày 22 tháng 3 năm 2004, cơ quan này do Mikhail Mishustin đứng đầu theo sự bổ nhiệm của Thủ tướng Nga Mikhail Fradkov[22]. Tại đây Mikhail Mishustin phải đối mặt với nhiệm vụ phát triển và thực hiện một bản địa chính về các đối tượng bất động sản và đánh giá chúng. Trong hai năm, Rosnedvizhimost đã hoàn thành việc định giá địa chính hàng loạt đối với đất ở Liên bang Nga, từ đó có thể đưa ra loại thuế đất dựa trên giá trị địa chính (tiêu chuẩn trước đây) của đất từ năm 2006[22]. Cũng trong năm 2005, Rosnedvizhimost tuyên bố ý định bắt đầu tiết lộ dữ liệu định giá địa chính cho các thửa đất thuộc sở hữu tư nhân qua Internet.

Cơ quan Liên bang về Quản lý các đặc khu kinh tế

Vào tháng 12 năm 2006, Mishustin được bổ nhiệm làm người đứng đầu Cơ quan Liên bang về Quản lý các Khu kinh tế Đặc biệt (RosSEZ)[23]. Trong hai năm, hai SEZ sản xuất công nghiệp đầu tiên đã được mở tại Tatarstan (Alabuga) và Lipetsk, cũng như các SEZ đổi mới công nghệ đầu tiên ở thành phố Dubna, Vùng Moscow, ở Tomsk và Zelenograd. Đồng thời, ông cũng đã phát triển và bắt đầu triển khai tại các SEZ một hệ thống cung cấp các dịch vụ của bang và thành phố theo nguyên tắc "một cửa"[24][25].

Vào tháng 2 năm 2008, Mishustin từ chức khỏi các cơ quan Nhà nước theo nguyện vọng cá nhân. Theo bản thân Mishustin, việc từ chức của ông đã được thỏa thuận từ trước: “Chúng tôi đã đồng ý với cựu bộ trưởng German Gref” rằng tôi sẽ rời chức vụ này ngay sau khi tôi hoàn thành một số nhiệm vụ[26]. Điều này đã được xác nhận bởi người đứng đầu Bộ Phát triển Kinh tế Elvira Nabiullina, nói rằng việc từ chức của ông là "có kế hoạch, và tất cả các nhiệm vụ được giao cho ông đã được giải quyết"[27].